Jelgavas apkārtnes Lielupes palienes pļavas pakļautas vairākiem ietekmējošajiem faktoriem. Šīs pļavas ir pakļautas būtiskai antropogēnai iedarbībai. Gar Lielupes krastu notiek intensīva makšķerēšana, neskatoties uz to, ka lieguma teritorijā ir aizliegts makšķerēt. Intensīvas makšķerēšanas rezultātā pļavās veidojas taku tīkls, kas palielina cilvēku daudzumu pļavās. Šis fakts arī negatīvi ietekmē ornitofaunu, jo Lielupes palienes pļavas ir arī nozīmīga putnu ligzdošanas vieta. Lieguma teritorijā konstatētas vairāk kā 135 putnu sugas, ko kurām daudzas ir aizsargājamas. Palielinās arī piesārņojums ar sadzīves atkritumiem. Šo faktoru ietekmē mainās pļavu augu un dažādu dzīvnieku sugu sastāvs. Lielupes palienes pļavas ietekmē arī tādi faktori kā aizaugšana, meliorēšana, neregulāra pļaušana, maza ganīšanas intensitāte, būvniecība.