Bieži vien funkcionāls
proteīns nesastāv no vienas polipeptīdu ķēdes, bet gan no divām vai
vairākām ķēdēm. Tās tādā gadījumā sauc par subvienībām un kopā tās
veido proteīnu kompleksu. Šāda kompleksa struktūru sauc par ceturtējo
jeb terciāro struktūru. To stabilizē visa veida nekovalentās
mijiedarbības – ūdeņraža saites, polārie kontakti un Van der Vālsa
spēki.
Ceturtējā struktūra nav visiem proteīniem, tomēr dažādi proteīnu
kompleksi ir visai bieža parādība. Piemēram, no α- un β-tubulīna
eikariotu šūnās veidojas mikrocaurulītes – šūnas citoskeleta elementi,
kas pēc savas būtības ir proteīnu ceturtējā struktūra.
Daudzi enzīmi sastāv no vairākām subvienībām, piemēram, Taq polimerāze
sastāv no 5 subvienībām, elpošanas ķēdē ietilpstošais citohroma bc1
komplekss no 11 subvienībām, bet NADH dehidrogenāze, kas arī ietilpst
elpošanas ķēdē, no veselām 46 subvienībām.