Alfavīrusi izplatās galvenokārt izmantojot kukaiņus kā starpsaimniekus, piemēram, inficētus moskītus. Kad, piemēram, cilvēku sakož inficēts kukainis, vīruss nonāk asinsritē, kur tālāk inficē šūnas. Vīruss var nonākt arī centrālajā nervu sistēmā (CNS), kur tas parazitē neironos. Parasti pēc saslimšanas, ko izraisa alfavīrusi ir sekojošas pazīmes: drudzis, locītavu sāpes, kas biežāk izpaužas pieaugušajiem, vārgums, drebuļi, un citas, kuru izpausme ir atkarīga no konkrēta vīrusa. Ir iespējami smagāki un vieglāki saslimšanas gadījumi, kā arī, pazīmes var nedaudz atšķirties. Parasti, vīrusa darbība organismā nostabilizējas un sāk samazināties 3. – 5. dienā pēc simptomu parādīšanās, ja vien vīrusam nav letāla iedarbība un antivielas pret vīrusu parādās 1. – 4. dienā pēc simptomu parādīšanās.
Bieži, lai pētītu alfavīrusu ģintij piederošo SIN un SFV tipa vīrusu izraisītās neiropatoģenētiskās un neirodeģeneratīvās slimības (izkaisīto sklerozi), kā pētījumu modeli izmanto peles un žurkas. Tās tiek inficētas ar dažādiem SFV celma pārstāvjiem un tiek iegūti dažādi rezultāti, sākot no letāliem iznākumiem, piemēram, inficējot ar SFV4 subtipu un tādiem, kas skar nervu sistēmu un ir letāli tikai mazuļiem, piemēram, A7 vai M9 subtipi, tādējādi pētot imūnsistēmas reakciju uz viena vīrusa dažādām mutācijām (Donnelly et al. 1997).
Alfavīrusu izplatīšanās areāls un patoģenēze tika prezentēti tabulā 1. (Smerdou C. & Liljestrom P. 2000)

Alfavīrusu izplatīšanās areāla un patoģenēzes tabula.