Noderīgas norādes

Resursi Internetā

1. http://www.brenda-enzymes.info/
   Ļoti laba un saprotama enzīmu datubāze. Ir iespējams atrast informāciju par enzīma EC numuru, reakcijām, organismiem, kuros enzīms ir sastopams. Informācija diezgan bieži tiek atjaunota.

2. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
   Viena no lielākajām biomedicīnas informācijas datubāzēm pasaulē. Var atrast gandrīz visu - rakstu anotācijas, gēnu sekvences, proteīnu struktūras. Ir pieejamas on-line programmas gēnu sekvenču analīzēm, salīdzināšanai un meklēšanai pēc vairākiem algoritmiem (piemēram, blastn, blastx). Informācija nepārtraukti tiek atjaunota un papildināta.

3. http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/MACiE/
   MACiE datubāze. Šeit ir iespejams atrast informāciju par vairākiem enzīmiem, to katalītisko centru uzbūvi un reakciju norisēm. Papaīna darbības mehānisms daļēji var atgādināt sortāzes katalīzes bioķīmiju, tāpēc to ir vērts apskatīt. Ir vērts meklēt pēc EC enzīma numura, jo meklēšanas sistēmas ir diezgan sarežģītas.

Lapas noformējuma bilde

1. Satura rādītāja noformējumā tika izmantots sortāzes A struktūras attēls no NCBI struktūru datubāzes. Struktūras MMDB numurs: 29399. Lai apskatītu struktūras ir nepieciešama programmatūra, kuru var lejupielādēt no NCBI lapas.

Zinātniskie raksti

1. Cossart, P., Lecuit, M. (1998) Interactions of Listeria monocytogenes with mammalian cells during entry and actin-based movement: bacterial factors, cellular ligands and signaling, EMBO J. 17, 3797-3806
   Raksts par Listeria monocytogenes patogēnu. Ir iespējams iegūt informāciju par virsmas proteīniem un to nozīmi baktēriju dzīves ciklā, kā arī saimniekorganismu inficēšanā. Raksts ir bezmaksas pieejams visiem, var arī iegūt PDF versiju.

2. Ilangovan, U., Ton-That, H., Iwahara, J., Schneeewind, O. and Clubb, R. T. (2001) Structure of sortase, the transpeptidase that anchors proteins to the cell wall of Staphylococcus aureus, PNAS 98, 6056-6061
   Labs raksts par sortāzes struktūru, ka arī tiek sniegta informācija par sortāzes darbības mehānisma bioķīmiju un aktīvā centra uzbūvi. Ir ieteicama tiem, kas interesējas ne tikai par sortāzi, bet arī par kodolmagnētisko rezonansu un strukturālo proteīnu bioloģiju. Tiek parādīts, ka sortāzes katalītiskais domēns spēj veikt reakcijas arī bez N-gala aminoskābju klātbūtnes enzīma molekulā. Raksts ir pieejams bezmaksas.

3. Mazmanian, S., K., Ton-That, H., Schneewind, O. (2001) Sortase-catalysed anchoring of surface proteins to the cell wall of Staphylococcus aureus,Mol. Microbiol. 40, 1049-1057
   Raksts par S. aureus šūnu virsmas proteīnu sekrēcijas un piestiprināšanas sistēmām. Ir aprakstītas divas sortāzes formas: A (universālā) un B (ar dzelzs jonu metabolismiem saistītā). Raksta autori ir pasaules līmeņa eksperti Gr+ baktēriju ekstracelulāro transpeptidāžu jautājumos. Raksts ir pieejams bezmaksas.

4. Mazmaian, S. K., Liu, G., Ton-That, H. and Schneewind, O. (1999) Staphylococcus aureus sortase, an enzyme that anchors surface proteins to the cell wall, Science 285, 760-763
   Norāde uz raksta kopsavilkumu NCBI datubāzē. Pilno tekstu var dabūt, ja jums būs reģistrācija "Science" žurnālā (bezmaksas). Raksta kopsavilkuma lapā ir norāde uz rakstu žurnālā. Rakstā ir informācija par sortāzes A darbības shēmu un substrātu pārvērtībām. kā arī ir parādīta nespēja inficēt saimniekorganismu tajā gadījumā, ja S. aureus šūnās tika ar mutāciju inaktivēta sortāze A.

5. Navarre, W. W. and Schneewind, O. (1999) Surface proteins of gram-positive bacteria and mechanisms of their targeting to the cell wall envelope, Microbiol Mol Biol Rev 63,174-229.
   Ļoti plašs un daudzpusīgs pārskats par virsmas proteīniem, to sintēzi un transportu, kā arī piestiprināšanu pie šūnas sienas. Var apskatīt šūnas sienas uzbūvi vairākām baktērijām (S. pyogenes, S. aureus, L. monocytogenes). Aprakstīti dažādi proteīni, kuros ir LPXTG sekvence (sortāžu atpazīšanas saits). Raksts ir pieejams bezmaksas.